La création de ce village remonte au VIIIe ou IXe siècle. Son existence est notifiée par un document officiel daté de 1256, dans lequel le curé de "Clergote" est cité.
Clairegoutte est la première paroisse protestante créée au Nord de l'ancien Comté de Montbéliard. Peu de choses sont connues aujourd'hui sur l'ancienne église de Clairegoutte , hormis son origine (bâtie sur les ruines d'un ancien temple païen). Cette église a été rénovée en 1734 et on y construisit un clocher de pierre en 1777.
L'élément qui donne à Clairegoutte autant de caractère, ce sont ses huit fontaines-lavoirs à obélisques édifiées entre 1875 et 1880.